Grundsätzlich unterscheidet man bei den Speicheldrüsen zwischen Entzündungen (Sialadenitis), Steinbildung (Sialithiasis) und Geschwülsten (Speicheldrüsentumoren). Häufig geben schon die Symptome Hinweise, um welche Erkrankung es sich am ehesten handelt. Speicheldrüsenentzündungen können bakteriell oder viral (Mumps!) sein und selten auch durch autoimmune Vorgänge ausgelöst oder stoffwechselbedingt sein. Die Ursache der Steinbildung im Bereich der Speicheldrüsen ist unklar. Falls ein Stein den Ausführungsgang der jeweiligen Speicheldrüse versperrt, kommt es zu einem Sekretrückstau, was mit schmerzhaftem Anschwellen der Drüse – vor allem nach den Mahlzeiten – verbunden ist. Unter den Speicheldrüsengeschwülsten gibt es vor allem gutartige, aber auch ein paar wenige bösartige. Zur Abklärung von Speicheldrüsenerkrankungen bietet sich neben der klinischen Untersuchung auch der Ultraschall – gegebenenfalls in Kombination mit einer Feinnadelpunktion – an.

In den letzten Jahren wird diagnostisch an den Universitätskliniken gelegentlich eine Sialendoskopie durchgeführt, bei welcher man mit einer sehr feinen flexiblen Optik über den jeweiligen Ausführungsgang der Speicheldrüse bis in das Drüseninnere hineinsehen kann und gleichzeitig auch kleinere Steine entfernen kann.
Eine ebenfalls sehr etablierte Methode ist die Steinzertrümmerung (Lithotrypsie) analog der Nierensteinzertrümmerung.
In manchen Fällen muss die erkrankte Speicheldrüse jedoch teilweise oder ganz entfernt werden. Die Entfernung der Unterkieferspeicheldrüse erfolgt in der Regel durch einen Zugang von aussen mit einem Schnitt unterhalb und parallel zum horizontalen Unterkieferast. Die Operation der Ohrspeicheldrüse ist viel aufwändiger, da der Facialisnerv - der die mimische Muskulatur innerviert - quer durch die Drüse verläuft. Um diesen Nerv nicht zu schädigen sollten Operationen an der Ohrspeicheldrüse mit Hilfe eines sogenannten Nerven-Monitorings durchgeführt werden.